El SEN cuenta con una diversidad de tipos de servicio educativo públicos para garantizar, de forma progresiva el acceso universal de todas las niñas, niños y jóvenes a centros escolares, independientemente de su zona de residencia y de su origen social o étnico: ha creado servicios educativos específicos para las poblaciones indígenas, para los estudiantes de pequeñas localidades rurales y para los niños de familias de jornaleros migrantes. Sin embargo, se aprecian carencias importantes en aquellos centros escolares que atienden a poblaciones en condiciones de mayor vulnerabilidad social.
El esfuerzo histórico realizado en los últimos años por el Estado mexicano para incrementar la cobertura, la permanencia y la conclusión de los estudios ha sido muy importante, lo que ha permitido garantizar prácticamente una educación primaria a todos. No obstante, todavía existe una proporción importante de NNA, principalmente en la educación preescolar y en la EMS, que, al encontrarse fuera del SEN, no tiene garantizado el acceso a escuelas de educación básica o planteles de EMS. Tampoco se logra que todos aquellos que ingresan en la escuela permanezcan en ella transitando entre grados y niveles educativos hasta completar la escolaridad obligatoria.
La eficacia del SEN enfrenta también grandes retos de equidad en términos tanto geográficos como sociales, pues existen entidades, municipios y localidades que muestran altos rezagos educativos en la cobertura y la permanencia escolares, así como en la conclusión de los niveles obligatorios. Además, se notan brechas importantes en poblaciones de mayor vulnerabilidad social, sobre todo en las que residen en zonas rurales aisladas.
Lo anterior permite señalar con claridad la enorme necesidad de que el SEN redoble los esfuerzos para fortalecer la cobertura educativa —principalmente en preescolar y en EMS —, la permanencia escolar y la conclusión de estudios en todos los niveles educativos, especialmente en aquellos tipos de servicio donde la demanda es mayor, privilegiando un claro enfoque de equidad y subsidiariedad frente a las poblaciones más vulnerables, las entidades más necesitadas y los servicios educativos con mayor fragilidad institucional.
El Estado aún tiene una importante deuda social para garantizar el acceso, la permanencia y la conclusión de los niveles educativos obligatorios a todos los niños en edades escolares. En 2015, alrededor de 4.8 millones de niños de entre 3 y 17 años no asistieron a la escuela; por grupos de edad, las tasas más altas de inasistencia correspondieron a la población de 3 a 5 años y a la de 15 a 17 años, equivalentes a 2.4 y 1.7 millones, respectivamente. En el grupo de edad de 12 a 14 años, 440 000 niños no asistieron a la escuela, y aun en el grupo de 6 a 11 años poco más de 120 000 niños tampoco lo hicieron, a pesar de que la cobertura es casi universal en este grupo.