Las bases de datos del estudiante y de escuelas que se publican en el portal son las utilizadas para calcular los resultados del estudio PISA 2006 a nivel entidad. En el caso de reproducir los resultados a nivel país, es necesario utilizar la base de datos internacional que está disponible en la página oficial de PISA www.pisa.oecd.org.

Es importante considerar que la base de datos del estudiante y la de escuelas se proporcionan en las versiones para SPSS ® y SAS ®.

Se incluyen las macros en SPSS ® y SAS ® que son necesarias para calcular los resultados (medias, porcentajes de estudiantes por niveles de desempeño, percentiles, etcétera) con sus errores estándar.

Son los archivos de los manuales de análisis de datos en SPSS ® y SAS ® que explican como reproducir los resultados y la estructura de las bases de datos. Estos manuales corresponden al ciclo 2003 y son los únicos liberados por PISA hasta este momento.

A continuación se mencionan las diferencias entre la base de datos de este sitio y la base de datos internacional disponible en el sitio de PISA www.pisa.oecd.org.

La base de datos de estudiantes de PISA 2006 en México contiene:

•    Únicamente los registros para los estudiantes evaluados en México.

•    La variable entidad y los ponderadores que son necesarios para poder calcular los resultados a nivel entidad federativa.

La base de datos de estudiantes de PISA 2006 internacional contiene:

•    Los registros de todos los estudiantes de los países participantes,

•    Los ponderadores para reproducir los resultados a nivel país y no cuenta con la variable entidad.

Es preciso que considere que los identificadores (fullid y schoolid) de las bases de datos de estudiantes y de escuelas de México, respectivamente, son distintos a los de las bases de datos internacionales, por lo que no se pueden unir y deben utilizarse por separado.

Como parte de la información suplementaria se incluye un archivo en Excel con una lista de las variables contenidas en la base de datos de estudiantes PISA 2006 internacional y que no se incluyen en la base de datos de México.​